Perpustakaan dikelola untuk memfasilitasi dukungan referensi dan kepustakaan B2P2TOOT serta menyediakan sarana dan fasilitas terkait sumber data dan informasi iptek dalam kerangka Saintifikasi Jamu. Perpustakaan B2P2TOOT dikelola sebagai bagian dari pusat data dan informasi Kemenkes, juga pusat pembelajaran iptek untuk pihak akademisi/ilmuwan, pemerintah, dunia usaha dan kelompok masyarakat.

Pepustakaan B2P2TOOT memiliki kurang lebih 2000 koleksi buku antara lain:

1. Humaniora dan Etnografi Kesehatan
2. Budidaya TO
3. Budidaya Pascapanen
4. Ilmu Kedokteran dan Ilmu Pengobatan
5. Farmasi
6. Penyakit Tanaman
7. Pertanian dan Teknologi yang berkaitan
8. Kimia
9. Hukum dan Perundang-undangan
10. Ilmu Tumbuhan
11. Biologi dan Ilmu Hayati
12. Ilmu Umum dan Komputer
13. Ensiklopedi
14. Permasalahan dan Kesejahteraan Sosial
15. Administrasi Negara &  Ilmu Kemitraan
16. Seni Fotografi & Foto