Museum Jamu Hortus Medicus dikelola untuk memfasilitasi aktivitas permuseuman Jamu dalam kerangka Saintifikasi Jamu. Museum ini menyediakan sarana, fasilitas dan artefak Jamu untuk pengoleksian, pelestarian, riset, komunikasi dan diseminasi benda nyata dalam kerangka Saintifikasi Jamu. Museum Jamu Hortus Medicus dikelola sebagai pusat permuseuman Jamu Kemenkes, juga untuk menjadi bahan studi oleh kalangan akademis, dokumentasi kekhasan masyarakat tertentu, ataupun dokumentasi dan pemikiran imajinatif pada masa depan.

Museum Jamu Hortus Medicus terdiri dari beberapa ruangan yaitu:

1. Ruang Utama

     Alur Saintifikasi Jamu, atlas tumbuhan obat yang ada di Indonesia, peralatan membuat jamu tradisional, dan gambar pembuatan jamu

2. Ruang Bahan baku

    Koleksi simplisia dan material bahan baku obat tradisonal

3. Ruang Seni dan Alat

    Koleksi alat pengobatan tradisional dan tradisi adat istiadat dari nusantara

4. Ruang Produk Jamu

    Koleksi ASEAN herbal medicine (produk obat tradisional dari negara anggota ASEAN) dan Jamu dari Indonesia

5. Ruang Naskah

    Naskah kuno yang berhubungan dengan Jamu

6. Ruang Prestasi

    B2P2TOOT, buku buku terbitan serta foto